Herhangi milletin ve topluluğun tarihi hakkında bilgi sahibi olmak için gerektiği gibi, Uygurların tarihi hakkında bilgi sahibi olmak için de onların dinlerini anlamak gerekir. Eğer Uygurların dinlerini tam olarak anlamadan söz söylemeye kalkışılırsa Uygurlar ile ilgili yanlış söz söylemek ihtimali artar.
Uygurlarda hemen her önemli kültür tabakası için bir din kabul etmek gerekir. Gök Tanrı inancının yanı sıra Budizm, Hristiyanlık, Mani ve İslâm Dinleri Uygur toplumu arasında görülmektedir. Buradan da Uygurların dini inanış konusunda hoş görülü olduklarını söyleyebiliriz. Mani Dini ve Hristiyanlık Uygurlar içerisinde tabakalar arasında kalmışken, Budizm ve İslamiyet Uygur halkı içerisinde genel dinler olarak kabul edilmiştir.
Uygurların diğer Türk devletleriyle mukayese edilmeyecek seviyede yüksek bir kültüre sahip olmalarına tarihî, coğrafî, idarî, iktisadî etkiler yanında özellikle Mani dini etkili olmuştur. Bilhassa 744-840 tarihleri arasındaki olayları, Mani Dini’ni kabul etmelerini incelerken bu milletin dini üzerinde durmak gerekmektedir.
Mani Dini’ne göre insanlık iki büyük kategoriye ayrılır. Birincisi seçkinler, yani Mani din adamlarıdır. Bunlar da kendi aralarında çeşitli mertebelere bölünür. Başta en yüksek başpiskoposları vardır. Bu gruptakiler için dinin istediği şeyler: evlenip aile kurmamak, oruç tutmak, et yememek ve içkiden uzak durmaktır. İkinci gruptakilere dinleyici adı verilirdi, yani Manihaizm’in ibadethanenin dışında kalanları ifade edenlere denirdi. Bunlardan beklenen şeyler de şunlardı: dengeli hayat sürecekler, evlenip bir aile kurabilecekler, sadaka verirken nazik ve cömert davranacaklar, yemekleri de normal olacak. İnanışlarına göre: bütün bunları yerine getiren bir dinleyici öldükten sonra seçkinlerden bir olarak da yeniden doğacaktır.
Büyük arınma tamamlanınca maddi dünyayı yenip zafere ulaşanlar mutlak ışık dünyasında yaşayacaklar. Dayanamayıp yenilenenler ise mutlak karanlığa götürüleceklerdir.
Yabancı asıllı Manici barındıran şehirlerden biri de Lo-yang şehri idi. Çang-an’dan sonra en mühim şehirlerden biri olan Lo-yang, ihtilalci An lu-şan kuvvetlerinin ve haleflerinin eline iki defa geçer. T’ang hükümeti güçlü Uygur askeri birliklerinin yardımı ile her defasında gelir geri alır. İkinci defasında ise Bögü Kagan’ın idaresindeki Uygur kuvvetleri, Kasım 762’den 763 Şubatı’na kadar şehrin civarında kalırlar. Bu zaman zarfında Uygur askerleri civarı talan ederler ve halka zulüm ederler. Fakat Kagan bu esnada bir kısım Manici Sogdluyu sık ziyaret etmektedir. Bunlar, hükümdar üzerinde büyük bir etki bırakmış olacak ki, Kagan Karabalgasun’a dönerken bunlardan dördünü yanında götürür.
Kagan maiyetiyle Karabalgasun’a geri döndükten sonra Uygur devletinin Manihaizm’i resmen kabul edip etmeyeceği konusunda tartışmalar başlar. Devlet ricalinden yüksek rütbeli birinin idaresinde bu yeniliğe karşı çıkan güçlü bir muhalefet vardı. Buna rağmen Ruiy-şi’nin grubu Kagan’ı ikna ederek muhalefeti ortadan kaldırır. Kagan da tebaasının Manihaizm’i kabul etmesi için bir emirname yayınlar. Bögü Kagan’ın, Budizm’in veya başka bir din yerine Manihaizm’i seçmiş olmasının bir başka sebebi de Çin’deki T’ang Hanedanına karşı istiklalini koruma endişesi olabilir. Çünkü Çinliler bu dinden nefret ediyordu. Manihaizm, Uygur Kaganlığı’na yeteri kadar tesir edememiştir. Bögü Kagan’ın 763 yılındaki emirnamesine rağmen, Türklerin eski dini olan ve Uygurların eskiden beri benimsediği Gök Tanrı dini Uygurlar arasında yaşıyordu. Uygur Kaganlığı hâkimiyetindeki şehirlerden ve merkezden uzak bölgelerde oturan bazı boylar arasında bu eski dinin devam etmiş olabileceğini düşünmek yanlış olmayacaktır.
O coğrafyada yaşayan topluluklar içinde Gök Tanrı dini yalnızca Türklerde görülen bir dindi. İnanışa göre Gök Tanrı’nın isteğiyle Türkler devlet kurmuş, hükümdar Tanrı tarafından Türklerin rahat ve bağımsız yaşamaları için gönderilmişti. Tanrı emreder, uymayana ceza verir, canı veren ve alan da Tanrıdır. Savaşlarda Tanrının yardımıyla zafer kazandıklarına inanma da Türkler için önemliydi. Bu inanışa göre Tanrı tekti ve ebediydi. Bu yüzden Türklerde put ve putların konulduğu tapınaklar olmamıştır.
Karabalgasun Kitabesi, Bögü Kagan’ın emirnamesinin, yeni dinin lehine olan bir parçasını zikrediyor ve manicilerin, ortadan kalkacağını ümit ettikleri hususların bazısına da işaret ediyordu. Uygur Kaganlığı hâkimiyeti altındaki şehirlerden ve merkezden uzak bölgelerde oturan, ilkel hayat yaşayan bazı boylar arasında bu eski dinin devam etmiş olabileceğini düşünmek mümkündür. Hatta 763’ te yasaklanmış olan bu dinin bazı hususları manicilerin arasında görülmüştür.
Türklerin ülkesinde ki mucizelerden biri de çakıl taşlarıdır. Bunlarla istedikleri zaman kar, yağmur yağdırabilirler, havayı soğutabilirler. Ellerindeki bu taşların hikâyesini ve her yerde herkes biliyordu ve hiçbir Türk inkâr etmiyordu. Ve bu çakıl taşları Tokuz Oğuz hükümdarının elindedir, başka hiçbir hükümdar da yoktur. Anlaşılan Kaganlar, Maniciliğe geçtikten çok sonra dahi bu çakıl taşlarının gücüne inanmaya devam etmişlerdir.
Geçmişin dikkati çeken bir başka kalıntısı da, Ötüken’e karşı duyulan saygıdır. Burası geleneksel Türk dininde mukaddes sayılan bir ormandır. Uygurca Mani metinleri bu kutsal yer için gereği gibi saygılı bir dil kullanıyorlar, bu metinlerde Işık Dini’nin kabulü ile durumun değiştiğine dair hiçbir işaret yoktur. Uygurlar Mani Dini’ni kabul etmelerine rağmen eski inanışlarından vazgeçememişlerdir.
Ayrıca Uygurlar’da ölülerin ardından yas tutulur, ölüler gömülür, ölülerin yeri belli olsun diye kurgan inşa edilir, tümsek yapılır, taş yığılır, hatta balbal denen taş heykeller dikerlerdi.
